Obispo de San Cristóbal de Las Casas, Chiapas, de 1960 a 1999. Fue uno de los obispos más importantes de México y América Latina, defensor de los pueblos indios y su dignidad, comprometido con los más pobres y marginados, ideólogo de la teología india y referencia importante dentro de la corriente progresista de la Iglesia latinoamericana.
Samuel Ruiz García nació en Irapuato, Guanajuato, el 3 de noviembre de 1924. A los 35 años fue nombrado obispo por Juan XXIII. Estudió teología con especialidad en hermenéutica en la Universidad Gregoriana de Roma, donde se ordenó sacerdote. Regresó a León y fue rector del seminario (1954-1960). Es el primer obispo que ha sido ordenado en San Cristóbal de Las Casas, Chiapas (25 de enero de 1960). Fue obispo durante 40 años de lo que sería su única sede episcopal, donde los cinco primeros años se dedicó a visitar su diócesis para conocerla y percibir de cerca la situación de su pueblo. Ahí descubrió la pobreza, la discriminación y el sufrimiento del pueblo. Caminó del asistencialismo y paternalismo hacia un proceso incluyente y participativo donde los sujetos de la historia son los y las pobres, los pueblos indios. 
Participó en todas las sesiones del Concilio Vaticano II y este hecho lo va a marcar toda su vida; especialmente en la nueva eclesiología y el reconocimiento de la presencia del Dios en las diversas culturas. Junto con otros obispos, fundó el Seminario del Sureste que se convertiría en un espacio de reflexión teológica y antropológica donde se fomentó el estudio de las lenguas indígenas y la formación de nuevos sacerdotes “del pueblo y con el pueblo” y de los primeros catequistas de su diócesis.
La cercanía con su pueblo lo transformó, “lo evangelizó”. Los pobres y los indios lo llamaban de cariño “Padre amoroso” (jTatik). Fue un defensor de los derechos de los pueblos indios, su territorio –“Madre tierra”–, sus tradiciones, ritos y costumbres, como lo fue fray Bartolomé de Las Casas. Gracias a la radio de onda corta, de la que se hizo aficionado, se comunicó con las parroquias a pesar de las distancias y dificultades geográficas. En 1968 participó en la II Conferencia del Episcopado Latinoamericano en Medellín (Celam), como presidente del Departamento de Misiones. En esa etapa fomentó la traducción de la Biblia a las lenguas locales (tzeltal, tzotzil, ch’ol y tojolabal). En 1974, la diócesis organizó el Congreso Indígena, que cambiaría la organización de los campesinos e indígenas de Chiapas. A partir de 1975 se establecieron las Asambleas Diocesanas con la participación de todos los agentes de pastoral (hombres y mujeres, laicos, religiosas y sacerdotes). 
En 1979, la Asamblea Diocesana hizo pública su opción por los pobres, recogiendo lo que dicen los documentos del Magisterio enunciado en la Celam de Puebla: “la Iglesia tiene una clara y profética opción preferencial y solidaria por los pobres”, entendiéndolos como “aquellos que carecen de los más elementales bienes materiales en contraste con la acumulación de riquezas en manos de una minoría”.
Así como articulaba su trabajo con los obispos mexicanos, participó del Grupo de Obispos Amigos (GOA) de América Latina, generando encuentros constantes de reflexión teológica y pastoral. En este grupo participaban Helder Camara, Leonidas Proaño, Aloisio Lorscheider, entre otras decenas de obispos ejemplares.
A raíz de la represión de que fue objeto el pueblo guatemalteco en el tiempo de Ríos Mont, más de 75 mil refugiados llegaron a la diócesis de San Cristóbal donde se les ofreció acogida. Su presencia ayudó a madurar a la diócesis. En esa misma década se multiplicaron los ministerios. Los prediáconos y diáconos aumentaron en número y experiencia. Se formaron numerosos grupos de mujeres indígenas que reflexionaban desde su ser mujer, desde su ser indígena, desde su ser marginadas; promotores de salud también aumentaron. 
Fue un tiempo fecundo de florecimiento y creatividad que el pueblo expresó en reflexiones teológicas, avances pastorales significativos como composiciones musicales, representaciones teatrales populares, celebraciones, nuevas narrativas. Las organizaciones sociales se fortalecieron, al igual que la comunicación entre los diversos grupos indígenas.
Las acciones de la diócesis crecieron y evolucionaron en criticidad y madurez. Poco a poco las quejas, críticas y denuncias contra las injusticias se fueron robusteciendo e irritando al gobierno local y federal. En la medida en que crecía la conciencia y la pobreza, la represión se agudizaba y la denuncia se fortaleció. Por ello, en 1989 jTatik Samuel impulsó la creación del Centro de Derechos Humanos “Fray Bartolomé de Las Casas”, que devino un espacio importante para la formación, promoción y denuncia de las violaciones a los derechos humanos. El centro fue un catalizador para sistematizar y trabajar más profesionalmente en los mismos. Esta instancia fue durante muchos años la expresión pública de la diócesis y de don Samuel en la faceta de la defensa de los derechos humanos.
En 1994, el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN), un grupo de indígenas armado y muy bien organizado, se levantó en armas contra el gobierno federal y su ejército. Los primeros días ocuparon muchos pueblos y cuatro importantes ciudades. Don Samuel y la diócesis inmediatamente se opusieron al uso de las armas como instrumento de cambio social y propusieron que se estableciera un diálogo entre las partes. El obispo siempre afirmó que “no estamos de acuerdo con las armas, pero estamos completamente de acuerdo con las demandas que los indios tienen”. Comprendió, desde el principio, la razón más profunda de los indios y por eso aceptó ser mediador en el conflicto.
A los pocos días de iniciar los combates, el gobierno y el EZLN aceptaron la mediación de don Samuel y gracias a él se lograron los primeros diálogos en febrero del mismo año en la catedral; junto con su equipo y un grupo de personalidades agrupados en la Comisión Nacional de Intermediación (Conai) se arribó a los Acuerdos de San Andrés Sakamchén de los Pobres (febrero 1995), primera fase de un proceso de cuatro etapas que fue interrumpido por incumplimiento del gobierno. De hecho, este último nunca confió en don Samuel y lo consideró enemigo, atacándolo por todos los medios posibles.
Como hombre fiel de Iglesia y visionario de su momento, el obispo decidió abrir un proceso sinodal diocesano. El Vaticano, por su parte, haciendo eco de la presión del gobierno mexicano, intentó obstaculizar su trabajo y descalificarlo.
Entre 1994 y 1997 se registraron 251 casos de ataques a los agentes de pastoral. Ambos obispos sufrieron atentados de muerte en varias ocasiones, siete sacerdotes fueron expulsados del país, se registraron incendios en iglesias y ermitas, homicidios y atentados a diáconos. En 1998, don Samuel renunció a la mediación del conflicto debido a la falta de voluntad política del gobierno para continuar el proceso de paz.
En tanto, el III sínodo diocesano llegó a su fin y fueron promulgados sus resultados el 12 de diciembre de 1999, un mes antes que le aceptara el Vaticano su dimisión, habiendo cumplido la edad canónica para dejar su cargo.
En su retiro, don Samuel continuó su labor de solidaridad y paz con los pueblos a nivel internacional. Fue invitado a cientos de conferencias en muchos países; recibió decenas de reconocimientos por su labor, entre los que destacan el premio Letelier-Moffitt, Washington (1992), Premio Simón Bolívar de la Unesco (2000), premio de paz que otorga la ciudad de Nüremberg (2001), premio de paz Niwano, en Tokio (2002). Samuel Ruiz murió el 24 de enero de 2011 en la Ciudad de México.
Desde principios de la década de 1970, Samuel Ruiz inició un trabajo colegiado con los obispos de las diócesis de la región, formando lo que se llamó la pastoral del “Pacífico Sur”. Con ellos formó un equipo de reflexión y elaboraron por varios años al menos 18 cartas pastorales. Algunas destacan: “Nuestro compromiso cristiano con los indígenas y campesinos de la región pacífico sur” (1977); “Grave situación de los indígenas” (1977); “Justicia para los indígenas” (1980); “Refugiados guatemaltecos en Chiapas” (1982); “Vivir cristianamente el compromiso político” (1982); “Narcotráfico: preocupación de los obispos del sur” (1984); “Evangelio y bienes temporales” (1985); “Reconciliación y denuncia de explotación” (1987), y “Alcoholismo, preocupación pastoral” (1990). Todas tuvieron una gran repercusión en la dinámica de la vida del pueblo, pues eran producto de la reflexión del pueblo antes de la propia elaboración del documento. Publicó una de sus cartas pastorales más famosa con motivo del saludo del papa Juan Pablo II a los indígenas del continente: “En esta hora de gracia” (1993). Durante el levantamiento zapatista, publicó la Carta Pastoral del Dolor a la Esperanza (1995). Entre sus obras destacan reflexiones escritas: La evangelización: ¿tarea superada en México? (1969); Los cristianos y la justicia en América Latina (1973); Teología bíblica de la liberación (1975); Reflexiones pastorales ante universitarios (1995); Acteal, una herida abierta (1998); Mi trabajo pastoral, en la diócesis de San Cristóbal de Las Casas. Principios teológicos (1999); ¿Educar para el individualismo o para la responsabilidad social? (2004); y entrevistas compiladas a modo de libro: La búsqueda de la libertad: entrevista realizada en septiembre de 1996 a Mons. Samuel Ruiz García (1999); Cómo me convirtieron los indígenas (2003); y La pasión de servir al pueblo: (testamento espiritual de don Samuel: entrevista a jTatik) (2016).